استنكرت الخابوري قرار إعفاء الشيخ محمد الشماع، المعروف بارتباطه بجامع النبي يونس، عادة إياه رضوخًا لضغوط خارجية من الجهات نفسها التي تسعى للسيطرة على جامع الخضر ومساجد أخرى.

ورفضت الخابوري أي محاولة لزج المساجد في الصراعات السياسية أو فرض وصاية فكرية عليها، مطالبة ديوان الوقف السني بإعادة النظر في قراراته الأخيرة والتحقيق في دوافعها، كما دعت الخابوري رئيس الوزراء للتدخل العاجل لوضع حد لهذه التجاوزات وحماية المؤسسات الدينية، مشيرة إلى أن لجنة الأوقاف في مجلس محافظة نينوى اتخذت الإجراءات القانونية كافة وفتحت تحقيقًا كاملًا في هذه الخروقات وسترفعها إلى الجهات المختصة.